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Afin d'améliorer les gestion des bassins conchylicoles, de nombreux auteurs ont élaboré des modèles mathématiques simulant les activités physiques et biologiques des bassins étudiés (Bacher et al.. 1990, bassin de Marennes-Oléron ; Bioteau, 1993, étang de Thau ; Chapelle, 1993, Baie de la Vilaine ; Radford. 1993, mer du Nord ; Smaal et Scholten, 1989, bassins mytilicoles hollandais; Santhanam et al., 1990, sud-est de l'Inde ; Keizer et al., 1987, bassin de Cumberland). Un des problèmes majeurs qui se pose au modélisateur est l'estimation de la capacité trophique d'un bassin. Quel facteur est le plus représentatif de la nourriture disponible pour les mollusques filtreurs ? Widdows et al. (1979) caractérisent le potentiel nutritif disponible pour les bivalves filtreurs comme étant la somme de protides (P), lipides (L) et glucides (G), convertie en énergie grâce aux coefficients de Brady (1945). Pourtant la masse totale des PLG ne représente généralement qu'une fraction « 60 % dans le Pertuis Breton) de la biomasse organique présente dans la masse d'eau. En effet une partie des PLG (notamment les protéines de structure) est réfractaire aux dosages chimiques. Certains auteurs considèrent que cette partie "réfractaire" est assimilable par le mollusque au même titre que les PLG dosés (Bay ne et al., 1987 ; Bayne et al., 1993 ; Van Haren et Kooijman, 1993). C'est pourquoi ces auteurs attribuent une valeur énergétique constante de 20 J par mg de matière particulaire organique tout au long de l'année. Enfin quelques travaux établissent une distinction entre le matériel phy1oplanctonique, hautement énergétique (1 mg de carbone phy1oplanctonique = 11 cal ; Platt et Irvin, 1973) et le matériel détritique (1 mg de carbone détritique = 5,8 cal ; Parsons, 1963). Le phy1oplancton constitue un élément important du régime alimentaire des mollusques filtreurs. Bien que l'étude de la chlorophylle permette une estimation globale de la biomasse phy1oplanctonique, il est intéressant de connaître à quelles espèces d'algues se rapporte cette biomasse. En effet, aux variations saisonnières de la biomasse totale du phy1oplancton, se superposent des changements dans sa composition spécifique au cours du temps. Ainsi la connaissance de la composition spécifique du phytoplancton pourrait permettre une meilleure compréhension d'évènements tels que la croissance, la reproduction, la mortalité, grâce à une analyse plus fine des relations mollusque/milieu régies par les mécanismes écophysiologiques.
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